Oletuksena määritetty komento suoritetaan hakemistossa, joka sisältää tämän Webmin-moduulin ohjelmat, mikä on jotain /usr/libexec/webmin/custom . Tätä asetusta voidaan käyttää määrittämään eri hakemisto, josta voi olla hyötyä välttäessä tarvetta käyttää täydellisiä polkuja komennolle ja sen parametreille.