V predvolenom nastavení sa zadaný príkaz spustí v adresári obsahujúcom programy tohto modulu Webmin, čo bude niečo ako /usr/libexec/webmin/custom . Táto voľba sa dá použiť na zadanie iného adresára, čo môže byť užitočné pre zamedzenie potreby používať úplné cesty pre príkaz a jeho parametre.